Около 10 лет назад при повышении должностного оклада распоряжением регионального МЗ (Ульяновск) были сокращены % за вредные условия труда, за стаж, за работу в сельской местности

Здравствуйте, Суфия! 

1. На федеральном уровне надбавка за работу в сельской местности положена женщинам, если их рабочий день делится на части и перерыв между ними превышает два часа  Оплата труда в этом случае увеличивается на 30% ppt.ru.

Другим категориям работников компенсационная выплата устанавливается региональным законодательством, нормативно-правовыми актами органа местного самоуправления, отраслевыми ведомственными нормативно-правовыми актами или локальным нормативным актом организации

Как правило, компенсационная доплата назначается работающим в бюджетной сфере, в учреждениях, которые финансируются из регионального или местного бюджета  Коммерческие организации могут установить доплату за труд на селе из собственных средств, но это их право, а не обязанность.

2. В соответствии со ст. 147 ТК РФ оплата труда работников, занятых на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, устанавливается в повышенном размере.

 
Минимальный размер повышения оплаты труда работникам, занятым на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, составляет 4 процента тарифной ставки (оклада), установленной для различных видов работ с нормальными условиями труда.

 
Конкретные размеры повышения оплаты труда устанавливаются работодателем с учетом мнения представительного органа работников в порядке, установленном статьей 372 настоящего Кодекса для принятия локальных нормативных актов, либо коллективным договором, трудовым договором.

Таким образом, работодательобязан установит установить минимальный размер процентной надбавки за вредные условия труда, но если у него есть средства, то может (имеет право, а не обязанность) установить процент выше.

3. Надбавка за стаж установлена Трудовым кодексом только для работников Крайнего Севера  и приравненных к ним местностях, а на остальных территориях по усмотрению (при наличии возможности) работодателя.

Поэтому все правомерно.