Стояла в очереди в детский сад как мать одиночка, сделала отцовство, подтвердила что отец вписан, и все равно дали направление в сад как мать одиночка, что делать?

Ничего делать не нужно, так как после того, как ребёнку уже дали место в детском саду на основании льготы для матери-одиночки, установление отцовства не лишит его этого места. 

Не совсем понятен вопрос. Вы стояли как мать-одиночка. Потом вписали в свидетельство о рождении ребенка отца. То есть, теперь утратили статус матери-одиночки. Вы переживаете, что ребенка уволят из детского сада? Нет конечно, если уже предоставили место, то администрация МДО не будет откатывать действия назад. Ребенок будет ходить в садик. Тут уже статус не имеет никакого значения. Главное, то цель достигнута, место в МДОУ предоставлено! Всего доброго!