В браке мы с супругом купили каждый по квартире по военной ипотеке, в мою внесла маткапитал, мы развелись 3

Нет, бывшему супругу не нужно выделять долю, если квартира оформлена исключительно на вас, и после развода она осталась за вами. Объясню подробно, чтобы было полностью понятно.

 
Почему не нужно выделять долю бывшему супругу
Если квартира оформлена на вас и осталась за вами после развода, бывший муж уже не имеет к ней отношения.
После расторжения брака имущество, приобретённое в браке, может делиться по соглашению или по суду. Если раздел не был произведён, то любой из супругов мог подать на раздел в течение 3 лет с момента, когда узнал о нарушении права (ст. 38 Семейного кодекса РФ).

Судя по вашему описанию:

Квартира на вас.
Мужу не выделялась доля.
Более 3 лет прошло.
Значит, он больше не может претендовать на долю, если не доказал свою долю в судебном порядке.

 
Маткапитал и выделение долей
Да, детям вы должны выделить доли, потому что использовали материнский капитал. Это обязательное условие (ФЗ № 256 «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»).
Обычно доли выделяются всем членам семьи (включая мужа), но если на момент выделения семья уже распалась, и квартира оформлена только на вас, то доли выделяются вам и детям.

 
Как это делается
1️⃣ После погашения ипотеки подаете заявление о снятии обременения в Росреестр.
2️⃣ Затем — обязательство о выделении долей детям (если не выделяли сразу после использования маткапитала).
3️⃣ Оформляете договор дарения или соглашение о выделении долей детям и подаете на регистрацию.
4️⃣ После этого можно спокойно продавать квартиру.

 
Вывод
Доли выделяете только детям.
Бывшему мужу ничего выделять не нужно.
Буду благодарна за положительный отзыв