Уже нужно будет штраф платить?

Киргизия входит в ЕАЭС  поэтому   для продления временного пребывания ее   граждан,   которые заключили трудовой договор  подается заявление 

о его продлении.

Заявление подается иностранным гражданином либо принимающей стороной,   одновременно с заявлением представляются:

9.1. Документ, удостоверяющий личность иностранного гражданина, и его копия (все страницы).
9.2. Документы, подтверждающие родственные отношения с трудящимся государства — члена Евразийского экономического союза (свидетельство о браке, свидетельство о рождении, документы об опеке или попечительстве, а также иные документы, подтверждающие нахождение его на иждивении у трудящегося государства — члена Евразийского экономического союза), и их копии (для членов семьи трудящегося государства — члена Евразийского экономического союза).
9.3. Копия трудового или гражданско-правового договора, заключенного трудящимся государства — члена Евразийского экономического союза с работодателем или заказчиком работ (услуг).

Приказ МВД РФ №926  

При этом, если принято решение   о продлении регистрации  в подразделение по вопросам миграции приглашается заявитель (принимающая сторона или иностранный гражданин), в миграционной карте иностранного гражданина производится отметка о продлении срока временного пребывания путем проставления оттиска мастичного штампа

20. После принятия решения о продлении срока временного пребывания по заявлению или ходатайству, предусмотренных пунктом 2 статьи 5 Федерального закона N 115-ФЗ и подпунктами 6.1 и 6.2 пункта 6 настоящего Порядка, в подразделение по вопросам миграции приглашается заявитель (принимающая сторона или иностранный гражданин), уполномоченным должностным лицом проверяются оригиналы документов, поступивших через подведомственное предприятие или уполномоченную организацию, в миграционной карте иностранного гражданина производится отметка о продлении срока временного пребывания путем проставления оттиска мастичного штампа размером 70 мм х 30 мм (рекомендуемый образец приведен в приложении N 3 к настоящему Порядку).

Приказ МВД РФ №926 

В случае отказа  в продлении срока временного пребывания,  по прибытию   иностранного гражданина ему    вручается уведомление о принятом решении об отказе в продлении срока временного пребывания и одновременно доводится информация  об обязханности выехь из РФ  

21. Информация об отказе в продлении срока временного пребывания, а также о необходимости явиться в подразделение по вопросам миграции доводится в течение одного рабочего дня до иностранного гражданина посредством телефонной связи, либо с использованием информационно-телекоммуникационной сети «Интернет», либо простым почтовым отправлением.

Одновременно до иностранного гражданина доводится информация об обязанности выехать из Российской Федерации по истечении срока его временного пребывания и о последствиях неисполнения данной обязанности.

По прибытии иностранного гражданина в подразделение по вопросам миграции ему вручается уведомление о принятом решении об отказе в продлении срока временного пребывания (рекомендуемый образец приведен в приложении N 4 к настоящему Порядку).

Приказ МВД РФ №926 

Я записала мигранта в очередь на эту печать, но прием у них будет только 9.06.25! И получается уже 1 день просрочки по первичной регистрации. Уже нужно будет штраф платит

Печать (оттиск мастичного штампа) ставиться при принятии решения о продлении.

Возможно до Вас не правильно довели информацию либо Вы не так   ее  поняли

В том  же   случае, если принято решение об отказе,     иностранному гражданину  в миграционном подразделении  вручать уведомление о принятом решении об отказе в продлении срока временного пребывания и доведут  информацию   о необходимости выезда из РФ. 

Вам написали, что Вы пытаетесь продлить миграционный учёт иностранца свыше установленного для них срока в 90 дней. Нет, он сам идёт в МВД вместе со своим трудовым договором и продлевает свой миграционный учёт.