Здравствуйте!
Очень понятная ситуация, и, к сожалению, действительно распространённая — ФНС последние годы активно переквалифицирует отношения с самозанятыми в трудовые или ГПХ, особенно если был переход из штата. Постараюсь ответить по существу на все ваши вопросы простыми словами, как человек, который понимает, что у предпринимателей и без того забот хватает.
Во-первых, аннулировать чеки самозанятого можно только пока вы имеете статус самозанятого. Если вы уже стали ИП, то в приложении «Мой налог» кнопки «отменить чек» больше нет. Однако, если вам всё-таки нужно их аннулировать — есть возможность подать заявление в ФНС с просьбой отменить конкретные чеки. Но это решение — на усмотрение инспектора, так что гарантии нет. В идеале — нужно, чтобы заказчик (то есть ООО) тоже направил аналогичное заявление, и в нём было указано, что они уплатили НДФЛ, и хотят убрать дублирование.
Статус самозанятого открывать заново для отмены чеков не нужно, это ни на что не повлияет и никакого смысла не имеет — старые чеки всё равно не сможете отменить через приложение, если они были до нового регистрации.
Теперь по самому важному: организация не имеет юридического права в одностороннем порядке менять условия заключённого с вами договора задним числом, особенно если он был исполнен. То есть — договор с самозанятым, подписанный в ноябре, никто не может волшебным образом заменить на договор ГПХ сейчас. Это может быть расценено как подлог или искажение данных. Такие действия допустимы только по взаимному согласию — и даже тогда они вызывают вопросы у контролирующих органов.
Подписывать договор ГПХ задним числом — очень рискованно, и тут вы можете нарваться на неприятности. Во-первых, ФНС может это расценить как фиктивную замену договора, а значит — возможен штраф за предоставление недостоверных сведений, плюс ИП (вы) потеряете право на учёт этих доходов в своей налоговой базе, если признают, что их как бы «не было». В итоге — могут быть штрафы и доначисления уже вам, как ИП. Не говоря уже о том, что возникает риск отказа в зачёте уплаченных налогов.
Ваша позиция по закону сильнее, потому что:
у вас был подписанный договор на оказание услуг как самозанятый;
вы выдали чеки через «Мой налог»;
вы своевременно уплачивали налоги.
Да, налоговая могла посчитать, что отношения были «псевдосамозанятостью», особенно из-за недавнего трудоустройства — но это её спор с организацией, не с вами. И если они доначислили налоги — они доначислили их работодателю, а не вам. Значит, вы ничего не нарушили.
Как поступить: лучше всего зафиксировать свою позицию письменно. Напишите в свободной форме письмо в адрес бухгалтера (или в саму ФНС, если будете обращаться), где укажите: договор был заключён добросовестно, услуги оказаны, налоги уплачены в полном объёме, отменять чеки вы не имеете технической возможности, поскольку статус самозанятого прекращён. Просите разъяснить порядок дальнейших действий, если у ФНС есть иная позиция.
Если вам настаивают на ГПХ, скажите, что вы готовы рассмотреть новый договор на будущее, но не за прошедшие периоды. Это важно.
Вы абсолютно правы — вы не первый и не последний, и решение тут должно быть найдено по закону, а не «по договорённости». С вашей стороны никаких нарушений не было.
Держитесь, такие ситуации требуют выдержки. Всё можно разрулить, просто не спешите соглашаться на сомнительные предложения и держите свою позицию твёрдо и спокойно.
С наилучшими пожеланиями,
Хабас Феликсович.