В ходе проверки работник, ответственный за данное нарушение уволен

Здравствуйте, да, дело об административном правонарушении должно быть возбуждено, несмотря на увольнение работника, непосредственно совершившего нарушение. Вот основные причины:

1.  Субъект ответственности по ч. 5 ст. 7.30.1 КоАП РФ: Данная часть статьи устанавливает административную ответственность юридических лиц (в данном случае — казенного учреждения) за совершение действий (бездействия), которые привели к необоснованному ограничению конкуренции при закупках в соответствии с законодательством о контрактной системе.
2.  Ответственность учреждения: Казенное учреждение как юридическое лицо несет ответственность за нарушения, допущенные в процессе его деятельности его работниками (должностными лицами) при исполнении ими своих трудовых (служебных) обязанностей. Увольнение виновного работника не освобождает само учреждение от административной ответственности за уже совершенное нарушение.
3.  Факт нарушения: Сам факт нарушения, выявленный в ходе проверки финансового контроля, является основанием для рассмотрения вопроса о привлечении к ответственности того субъекта, который по закону отвечает за данное нарушение – то есть казенного учреждения.
4.  Обязанность уполномоченного органа: Должностное лицо контролирующего органа (например, Федерального казначейства, Росфиннадзора, органа исполнительной власти субъекта РФ, осуществляющего финансовый контроль), выявившее в ходе проверки состав административного правонарушения, обязано составить протокол об административном правонарушении в отношении юридического лица (казенного учреждения) и возбудить дело (ст. 28.1, 28.3 КоАП РФ). Уклонение от этой обязанности само по себе является нарушением.
5.  Цель административного наказания: Наказание (штраф) по ч. 5 ст. 7.30.1 КоАП РФ налагается на учреждение не только как карательная мера, но и для предупреждения новых нарушений как самим этим учреждением, так и другими участниками закупок.