Должно ли руководство воинской части обеспечить ограждение в виде забора территории военного городка (малого) для предупреждения несанкционированного проникновения?

Да, руководство воинской части обязано обеспечить ограждение территории военного городка.

Законные основания:
Пункт 3 ст. 11 Федерального закона «О статусе военнослужащих» обязывает Минобороны РФ создавать условия для безопасного проживания военнослужащих и их семей.
Приказ Минобороны РФ № 300 (2017 г.) прямо требует:

оборудовать ограждения по периметру военных городков (п. 38);
исключать несанкционированный доступ посторонних (п. 42).
СанПиН 2.1.2.2645-10 (п. 4.4) также предписывает ограждать территории для санитарной и антитеррористической защиты.
Что делать, если забора нет?
Подать рапорт командиру части (требовать исполнения Приказа № 300).
Обратиться в военную прокуратуру – они проводят проверки по таким нарушениям в 10-дневный срок.
Написать жалобу в Генштаб через сайт Минобороны (раздел «Обращения»).
Важно! Без ограждения часть не может обеспечить режим секретности, что грозит дисциплинарной ответственностью командования.