Что можно предпринять в этом случае?

Здравствуйте! Очень неприятная ситуация, но давайте разберёмся, что можно предпринять. Похоже, что сотрудник Wildberries действовал не совсем корректно, основываясь на своём понимании правил.

Ваши права и правила Wildberries:

Право на отказ от товара надлежащего качества (купленного дистанционно):

Согласно статье 26.1 Закона РФ «О защите прав потребителей» и Правилам продажи товаров дистанционным способом (Постановление Правительства РФ № 2463), вы имеете право отказаться от товара надлежащего качества в течение 7 дней после его передачи, если он сохранил товарный вид (т. е. потребительские свойства, оригинальную упаковку, ярлыки, которые не были повреждены и товар может быть продан другому лицу).
Ключевой момент: Для возврата товара надлежащего качества причина не имеет значения. Вы можете вернуть товар, если он вам не подошёл по размеру, цвету, фасону и т. д.
Случай с «маленьким пятнышком»:

Если вы не заметили пятно при первичном осмотре и оно действительно незначительное, что можно отнести к производственному дефекту или повреждению при транспортировке, то это может быть основанием для возврата товара ненадлежащего качества.
Если же пятно появилось по вашей вине (вы его поставили) и вы пытаетесь вернуть товар как надлежащего качества, но при этом у товара уже есть такой недостаток, то возврат по причине «не подошёл размер» становится проблематичным, так как товар уже не имеет первоначального товарного вида.
Почему мог возникнуть отказ:

Сотрудник WB прав, если пятно появилось по вашей вине: Если пятно появилось по вашей вине, то товар уже не является товаром надлежащего качества. В этом случае вернуть его по причине «не подошёл размер» уже нельзя. Тогда остаётся только вариант возврата из-за брака, но, как вы описали, продавец этот брак не признаёт.
Сотрудник WB ошибается, если пятно является производственным дефектом или оно незначительное/незаметное: Если пятно было на товаре изначально (производственный брак) или оно настолько незначительное, что не влияет на возможность дальнейшей продажи (например, легко удаляется), а вы его просто не заметили, то отказ в возврате по любым причинам (включая «не подошёл размер») в течение 7 дней является неправомерным.
Что вы можете предпринять:

Повторная попытка возврата товара надлежащего качества (если пятно незначительное/первоначальное):

Не акцентируйте внимание на пятне! При оформлении заявки на возврат, как вы и сделали, укажите причину: «не подошёл размер».
Упакуйте кроссовки так, чтобы они выглядели максимально презентабельно (в родную коробку, если она сохранилась, со всеми бирками, если они не были оторваны).
Попробуйте вернуться в пункт выдачи заказов (ПВЗ) в течение 7 дней с момента получения товара.
Если сотрудник снова отказывает, ссылаясь на пятно: Вежливо, но настойчиво объясните: «Я приобретала товар с целью использования, а не для того, чтобы оценить его идеальность. При первой примерке я не заметила этого недостатка, но он не мешает мне использовать товар по назначению, главное, что мне не подошёл размер. По закону я имею право вернуть товар надлежащего качества в течение 7 дней, если он не был в употреблении».
Спросите, каким образом пятно нарушает мои права как потребителя при возврате товара из-за несоответствия размера.
Требуйте оформить возврат, а если они сочтут это браком, — составьте акт о выявленном недостатке.
Если вам категорически отказывают: Попросите сотрудника письменно объяснить причину отказа или предоставить официальный документ с отказом. Запишите ФИО сотрудника, если это возможно.
Оформление претензии через приложение/сайт Wildberries (если возврат в ПВЗ не удался):

Зайдите в раздел «Обращения» или «Поддержка» в приложении Wildberries.
Создайте новое обращение.
Тема обращения: «Возврат товара надлежащего качества (не подошёл размер)».
Суть обращения: Опишите ситуацию: вы получили кроссовки, размер не подошёл, и вы хотели вернуть их как товар надлежащего качества в течение 7 дней. Сотрудник пункта выдачи отказал вам, сославшись на небольшое пятно, которое вы не заметили при первичном осмотре. Объясните, что пятно незначительное и не влияет на возможность дальнейшей продажи товара, а ваш основной мотив — несоответствие размера.
Приложите фото товара: Сделайте несколько четких фотографий кроссовок, чтобы показать, что они в хорошем состоянии, и, если возможно, сфотографируйте само пятно, чтобы продемонстрировать его незначительность.
Укажите, что вы действуете в рамках ст. 26.1 Закона РФ «О защите прав потребителей».
Требование: вернуть деньги, уплаченные за товар.
Если продавец отклонил заявку из-за брака:

Это означает, что продавец не считает пятно браком. В вашем случае, скорее всего, не стоит настаивать на возврате из-за брака, пока есть возможность вернуть товар надлежащего качества.
Важно помнить:

7-дневный срок: Действуйте как можно скорее, чтобы уложиться в 7 дней с момента получения товара.
Не ставьте пятна на кроссовках самостоятельно: убедитесь, что за время между первичным осмотром и новой попыткой возврата вы не испортили товар.
Фиксация отказа: Если в пункте выдачи заказов вам отказывают, постарайтесь зафиксировать этот факт (фото, видео, ФИО сотрудника).
Если через приложение WB вам тоже откажут или продавец не одобрит возврат, вам придется написать официальную претензию на имя продавца (через платформу WB, если адрес неизвестен) и в случае дальнейшего отказа обратиться в Роспотребнадзор или суд. Но сначала попробуйте все варианты, связанные с возвратом в ПВЗ и через службу поддержки WB.