Скажите, пожалуйста, будет ли это являться нарушением, если уведомление о прибытии ИГ в место пребывания

Добрый день!
Да, в вашей ситуации есть риск нарушения, потому что по закону уведомление о прибытии иностранного гражданина (ИГ) подаёт принимающая сторона, а в вашем случае принимающей стороной по смыслу закона будет организация-работодатель, а не собственник квартиры.

 
Почему так
Ст. 2 ФЗ № 109-ФЗ от 18.07.2006 («О миграционном учёте…») определяет принимающую сторону:

для иностранных граждан, прибывших в РФ для работы по найму (в том числе ВКС) — это, как правило, работодатель или заказчик работ;
для частного размещения (в гостях, аренда у физлица) — это собственник жилья.
Ваша ситуация:

Договор аренды заключён не с иностранцем напрямую, а с организацией-работодателем.
Это означает, что именно организация выступает принимающей стороной, даже если фактически иностранец живёт в квартире у собственника.
Обязанность по постановке на учёт возложена на принимающую сторону (ст. 20 ФЗ № 109-ФЗ). Если уведомление подаст не она, а третье лицо (собственник), формально это будет нарушением порядка миграционного учёта.
 
Что будет, если уведомление подаст собственник
ФМС (ГУВМ МВД) может признать, что уведомление подано ненадлежащим лицом, и посчитать иностранца непоставленным на учёт.
Возможные последствия:

для иностранца — штраф и, в некоторых случаях, выдворение (ст. 18.8 КоАП РФ);
для принимающей стороны — штраф по ст. 18.9 КоАП РФ.
 
Как сделать правильно
Уведомление должна подать организация-работодатель (принимающая сторона по договору).
Если организация хочет, чтобы подачу сделал собственник, нужен договор поручения или письменная доверенность от организации на собственника (лучше нотариальная или на фирменном бланке с печатью).
В уведомлении всё равно указывается организация как принимающая сторона, а не физлицо-собственник.
 
Если хотите, я могу оформить вам образец доверенности от организации на собственника для подачи уведомления, чтобы всё было законно.
Хотите, подготовлю?