Какие мои дальнейшие действия и что мне за это будет?

Здравствуйте.
Давайте сразу внесем ясность в эту ситуацию, чтобы снять Ваше беспокойство. То, что произошло — это не обвинение, а стандартная процедура. В этой истории Вы являетесь не правонарушителем, а добросовестным приобретателем и, по сути, потерпевшей стороной.
Вам не грозит абсолютно ничего. Уголовная ответственность за подделку VIN-номера наступает лишь тогда, когда доказан умысел. Вы же сами, действуя в рамках закона, представили автомобиль для регистрации, что является неопровержимым доказательством Вашей добросовестности. Закон четко отличает преступника от его жертвы.
Теперь о Ваших дальнейших действиях. Ваша роль сейчас — это роль свидетеля, который помогает установить истину. Взаимодействие с участковым — это формальная проверка, необходимая для официальной фиксации факта расхождения. Вам предстоит дать исчерпывающие письменные объяснения, где Вы должны подробно и правдиво изложить все обстоятельства покупки, не упуская и слова продавца о «заводском дефекте». Основой Ваших объяснений будет договор купли-продажи.
Неизбежно будет назначена криминалистическая экспертиза. Этого не стоит опасаться, наоборот, это в Ваших интересах. Эксперт подтвердит, что основной VIN-номер на кузове является заводским и не подвергался изменениям. Этот факт, вкупе с совпадением номера в ПТС, является главным и неопровержимым аргументом в Вашу пользу. Итогом этой проверки станет вынесение участковым постановления об отказе в возбуждении уголовного дела. Этот документ — Ваш правовой щит и ключ к дальнейшим действиям.
Как только это постановление будет у Вас на руках, ситуация переходит из уголовно-процессуальной плоскости в гражданско-правовую. У Вас появится два пути. Первый — вновь обратиться в ГИБДД и попытаться зарегистрировать автомобиль. Вероятно, регистрацию произведут, но с внесением в документы особой отметки о выявленном расхождении. Второй путь, более юридически грамотный, — это расторжение сделки. Выявленное несоответствие VIN является существенным недостатком товара. На основании постановления полиции Вы получаете полное право предъявить продавцу письменную претензию, а в случае отказа — обратиться в суд с иском о расторжении договора и возврате Вам всей уплаченной суммы.
Таким образом, Ваша задача сейчас — спокойно и методично пройти проверочные мероприятия, чтобы получить официальный документ, подтверждающий Вашу невиновность. После этого Вы сможете либо легализовать владение автомобилем, либо, что более правильно, аннулировать сделку, которая с самого начала содержала в себе скрытый порок.