И вообще возможно ли что-то сделать?

По описанию это классический случай ненадлежащего оказания услуг агентством недвижимости: вам обещали конкретную финансовую модель сделки (в ипотеку заложены два блока по 500 000 ₽: 1) возврат займа застройщику на первоначальный взнос и 2) «деньги на ремонт»), а исполнитель не включил второй блок. Это породило прямые расходы и риски. 
Что важно понять сразу
С агентством у вас — договор возмездного оказания услуг. За качество и результат они отвечают по ГК РФ и Закону о защите прав потребителей (ЗоЗПП). Если услуга оказана с недостатками (ошибка в расчётах/структуре сделки), вы вправе требовать: уменьшения цены, возмещения убытков, в т.ч. фактически понесённых расходов (ваши 200 000 ₽ на работы/закупленные материалы), а также штрафа 50% от присуждённой суммы при неудовлетворении требований добровольно.
Недостоверная информация — тоже основание ответственности. Если вас уверяли, что «всё просчитано» и деньги «на ремонт» будут, а это не так — действует ЗоЗПП ст. 12 (ответственность за недостоверную/неполную информацию об услуге).
Отдельно — маткапитал. Его можно направлять на строительство/реконструкцию (увеличение площади и т.п.), но не на обычный ремонт. Это важно на будущее, чтобы не попасть в спор с Соцфондом (бывш. ПФР).
Опасная «практика завышения стоимости». Любые схемы с завышением цены ради «лишних средств» — риск. В крайних случаях это может подпадать под ст. 159.1 УК РФ (мошенничество в сфере кредитования — предоставление банку заведомо ложных сведений). Если эту идею продвигало агентство — это ещё одно подтверждение их недобросовестности.

Пошаговый план
1) Зафиксируйте признание ошибки — письменно сегодня
Отправьте агентству (на имя директора) короткое письмо/претензию № 1 по электронной почте и заказным письмом:
«…На встрече ___ числа с участием [ФИО риэлтора] и [ФИО застройщика] было сообщено, что риэлтор не включил во вновь оформляемую ипотеку сумму 500 000 ₽ на ремонт, ранее согласованную и неоднократно подтверждаемую вами в переписке. В результате нам причинены убытки: уже оплаченные работы 200 000 ₽, закупленные материалы на сумму __ ₽, а также необходимость срочного привлечения дополнительного финансирования. Просим в 10-дневный срок:

компенсировать убытки (перечень и суммы);
снизить цену ваших услуг до 0 ₽ и вернуть оплату (если платили комиссию);
альтернативно — за ваш счёт организовать докредитование/увеличение суммы ипотеки на 500 000 ₽ (включая комиссии/расходы), чтобы привести условия сделки к изначально согласованным.
В противном случае обратимся в суд по ЗоЗПП с требованиями о взыскании убытков, неустойки (при наличии), компенсации морального вреда и штрафа 50% по п. 6 ст. 13 ЗоЗПП».
К письму приложите распечатки переписки/записи (если были) с описанием обещаний риэлтора и его «уверенности». (Аудиозапись беседы, сделанная вами как участником, как правило, допустима как доказательство; но ключевое — письменно зафиксировать факт признания ошибки.)
Зачем сейчас: суду важно видеть причинно-следственную связь между ошибкой и вашими расходами («реальный ущерб» по ст. 15 ГК РФ). Чем раньше это зафиксировано и предъявлено исполнителю — тем лучше.

2) Параллельно — «подушка безопасности» с банком и застройщиком
Банк. Подайте заявление на изменение условий (увеличение суммы кредита/докредитование/целевой «ремонт» в рамках строительства, либо отдельный целевой кредит). Сошлитесь на техническую ошибку посредника и приложите копию претензии № 1. Даже если банк откажет — у вас будет документ о том, что вы добросовестно пытались минимизировать ущерб (важно для последующего взыскания с агентства — убытки «разумны и необходимы»).
Застройщик. Попросите письменный график погашения займа 500 000 ₽ на первоначальный взнос (если это отдельный договор займа), без требования единовременной оплаты «срочно». Проверьте договор: есть ли право требовать «единовременно сейчас»? Часто условия допускают рассрочку/пролонгацию. Зафиксируйте, что проблема возникла не по вашей вине, и вы предпринимаете меры.
3) Полная претензия к агентству (через 3–5 дней, когда соберёте расчёты)
Во второй претензии детализируйте требования и расчёты:

Убытки (ст. 15 ГК РФ):
• 200 000 ₽ оплаченных работ;
• стоимость закупленных материалов (чеки/накладные);
• дополнительные проценты/комиссии за докредитование (если будет);
• стоимость их услуг к возврату/уменьшению (если оплачивали).
Основание ответственности: договор оказания услуг (гл. 39 ГК РФ) + ЗоЗПП: ненадлежащее оказание услуги (ст. 29), недостоверная информация (ст. 12). Потребитель вправе требовать уменьшения цены, возмещения убытков; при неудовлетворении добровольно — штраф 50% (п. 6 ст. 13).
К кому предъявлять: к юридическому лицу — агентству. Оно отвечает за действия своего работника (риэлтора) как за свои — ст. 1068 ГК РФ.

Срок на ответ: 10 календарных дней. Это разумный срок для потребительского спора.
Отправка: заказное письмо с описью, параллельно — на официальный e-mail/мессенджер, сохраните трек-номер.

4) Если не решат — иск в суд по месту вашего жительства
В иске просите:

взыскать убытки (как выше);
взыскать стоимость (или часть стоимости) услуг агентства;
компенсацию морального вреда (обычно символично, но добавляет к штрафу базу);
штраф 50% от присуждённого (п. 6 ст. 13 ЗоЗПП — суд взыскивает его сам, даже если вы не заявили отдельно; но лучше заявить явно);
судебные расходы (представитель, почта, экспертизы). Судебная пошлина по потребительским искам не платится до 1 000 000 ₽; свыше — с зачётом «льготы» на 1 млн.
Практика ВС РФ по потребительским спорам стабильно поддерживает взыскание штрафа и защиту потребителя при ненадлежащих услугах. Рекомендации содержит ПП ВС РФ № 17 от 28.06.2012.
5) Параллельно — жалоба в Роспотребнадзор
Коротко опишите: навязанную схему «завышения стоимости», гарантию со стороны риэлтора, итоговую ошибку и ущерб. Приложите копии претензий и переписки. Это усиливает вашу переговорную позицию и может подтолкнуть агентство к добровольной выплате.
Что приложить к претензии/иску (чтобы «зашло» с первого раза)
Договор с агентством, квитанции/чеки об оплате услуг.
Ипотечный договор/заявка/кредитное решение, бюджет сделки (если есть), договор займа с застройщиком.
Переписка: где агент обещает «всё рассчитано, 500 000 на ремонт будут».
Протокол/письменное подтверждение недавней встречи (создайте сами «служебную записку» по итогу встречи и направьте её агентству, зафиксировав их слова о «забыли включить»).
Чеки/договоры на материалы и работы (200 000 ₽ и иные суммы).
Ваше обращение в банк о докредитовании/изменении условий (и ответ).
 
Чего избегать
Не подписывайте задним числом «согласия»/«допсоглашения», где вы подтверждаете, что «вам всё объяснили» и «претензий нет».
Не берите на себя чужую ошибку: не оформляйте потребкредиты «абы закрыть дыру», пока письменно не зафиксируете, что это вынужденная мера вследствие ошибки агентства (иначе они потом скажут: «сами так решили»).
Не участвуйте в схемах с искусственным завышением цены ради «лишних денег» — это риск не только гражданский, но и уголовно-правовой.
Что вы можете получить реально
Возврат части/всей комиссии агентства (если их «результат» не достигнут и услуги некачественны). Основание — гл. 39 ГК РФ + ст. 29 ЗоЗПП. 
Компенсация прямых расходов: уже оплаченные работы (200 000 ₽), закупленные материалы, комиссии за докредитование, иные разумные траты, вызванные ошибкой. Основание — убытки (ст. 15 ГК РФ). 
Штраф 50% от присуждённой суммы + моральный вред. Суд взыскивает штраф при удовлетворении требований потребителя за неудовлетворение их добровольно.