Для иллюстрации- если ГК ОВС СНГ своим приказом "перевел" военнослужащего Чили в Вооруженные силы Норвегии

Российский суд не будет отменять «приказ Главнокомандующего Объединёнными вооружёнными силами СНГ»:

такой должности и самого Главкомата не существует с 24.09.1993 — институт упразднён, а ОВС СНГ действовали только в 1992–1993 гг.; потому «адресата» для отмены приказа сейчас нет.
даже если представить гипотетический приказ международного органа, российская административная юстиция по КАС РФ контролирует российские органы/должностных лиц и иных носителей публичных полномочий в РФ. Прямой пересмотр актов межгосударственных органов в российские суды не подсуден, если только такой акт не реализован российским органом (тогда оспаривается именно российское решение/действие). 
Органы СНГ и их должностные лица, как правило, пользуются привилегиями и иммунитетами, определяемыми актами СНГ и соглашениями о статусе/пребывании; это исключает их прямое привлечение к юрисдикции национальных судов без согласия/отказа от иммунитета.

Как действовать на практике (если затронуты права в РФ)
Если последствия «приказа» реализованы через российский орган (например, приказ Минобороны РФ, распоряжение командира части, запись в учёте и т.д.), оспаривайте именно российский индивидуальный акт:

Подведомственность/подсудность.
– Споры военнослужащих об обжаловании приказов, действий органов военного управления и воинских должностных лиц рассматривают гарнизонные военные суды (первая инстанция). Основание: ст. 7 ФКЗ «О военных судах РФ».
Правовая база и требования.
– Подаётся административный иск по гл. 22 КАС РФ о признании незаконными решения/действия (бездействия) российского органа/должностного лица, нарушивших ваши права. Укажите, что российский акт основан на несуществующем/ничтожном внешнем «приказе» либо издан с выходом за пределы компетенции. Основание: ст. 218 КАС РФ.
Срок.
– Общий срок обращения — 3 месяца с момента, когда вы узнали о нарушении; просите восстановить срок при уважительных причинах. Основание: ст. 219 КАС РФ (ред. 08.08.2024).
Что приложить.
– обжалуемый российский приказ/распоряжение, выписки/карточки учёта, переписку, служебные записки;
– доказательства последствий для прав (перевод, исключение из списков, удержания, и т.п.);
– на обоснование — факт упразднения Главкомата ОВС СНГ и должности Главкома (как недопустимой «правовой основы»).
Формулировка просительной части (пример):
– признать незаконным и отменить (в части) приказ ___ № ___ от ___, изданный (наименование российского органа/должностного лица);
– возложить обязанность восстановить прежнее положение (вернуть к месту службы, внести корректные записи, произвести выплаты и т.п.);
– взыскать судебные расходы.
Важно: если спор не про военнослужащего РФ, а про иностранного гражданина и действия российских органов (например, миграционные/пограничные/дислокационные решения в РФ), подсудность определяется по общим правилам КАС РФ к соответствующему российскому органу.
Если «приказ» исходит от иностранного государства/международной структуры и не реализован в РФ
Прямо «отменить» его в российском суде нельзя из-за юрисдикционных иммунитетов и отсутствия компетенции российских судов по пересмотру таких актов (297-ФЗ регулирует иммунитеты иностранных государств; для международных организаций иммунитеты закрепляются международными договорами/соглашениями о статусе). Путь защиты — в судах и по процедурам того государства/организации, чьи акты применены (в вашем примере — Чили/Норвегия), либо оспаривание национального акта исполнения в соответствующей юрисдикции.
Что по СНГ «в теории»
У СНГ есть Экономический суд СНГ, но он рассматривает межгосударственные споры и запросы о толковании актов СНГ; индивидуальные обращения граждан не принимаются. То есть это не путь для отмены «приказа» в индивидуальном порядке.