Парень 29 лет, не служил, насколько знаю сейчас срок похода в армию увеличили до 30, но он попал в год, когда этот

Добрый день!

Нет, ему почти со 100% вероятностью ничего не грозит.

Вы немного путаете в формулировках, но суть уловили верно.

Старый порядок: Призывной возраст был с 18 до 27 лет включительно. То есть в армию могли призвать, пока мужчине не исполнилось 27 лет и 1 день. Как только ему исполнялось 27, он переходил в категорию непризывного возраста.
Новый порядок (с 2023 года): Призывной возраст повышен. Теперь он составляет с 18 до 30 лет включительно. Теперь призывать могут, пока мужчине не исполнилось 30 лет и 1 день.

Закон был подписан Президентом 25 июля 2023 года и официально вступил в силу с 1 января 2024 года.
В этом законе есть переходное положение (статья 4 Федерального закона от 25.07.2023 № 341-ФЗ). Оно гласит:
Граждане, которым на день вступления в силу настоящего Федерального закона исполнилось 27 лет и более, не подлежат призыву на военную службу.
Это и есть тот самый «спасательный круг» для вашего парня.

Вашему парню 29 лет. Давайте посчитаем:

На 1 января 2024 года (момент вступления закона в силу) ему уже должно было исполниться 28 лет (если ему сейчас 29, значит на 01.01.2024 ему было 28 или 29, в зависимости от даты рождения).
28 лет — это БОЛЬШЕ, чем 27.
Вывод: На момент вступления в силу нового закона ему уже было больше 27 лет. Согласно переходным положениям, он окончательно и бесповоротно перешел в категорию граждан, не подлежащих призыву.

Он «проскочил» по возрасту на момент изменения закона. Военкомат для него больше не опасен.

Смена паспорта в 45 лет НИКАК не связана с воинским учетом. Это чисто возрастная процедура, не имеющая отношения к военкомату.

При смене паспорта паспортный стол просто проверит, есть ли отметка о воинской обязанности (обычно она ставится штампом на странице 13 паспорта).
Так как ваш парня уже давно вышел из призывного возраста по старому закону, у него на руках должен быть военный билет (или справка взамен военного билета). Этого документа будет более чем достаточно для паспортиста.
Даже если он не получил военный билет (что было ошибкой), его статус от этого не меняется. Он не подлежит призыву. Ему просто нужно будет урегулировать вопрос с военкоматом по месту жительства, чтобы получить соответствующий документ, подтверждающий его непризывной статус.
Итог и рекомендации
Забрать в армию не могут. Его возрастная группа (те, кому на 1 января 2024 года было 28 лет и больше) была законодательно «амнистирована» и выведена из-под призыва новым законом.
Менять паспорт можно и нужно абсолютно спокойно. Никаких рисков нет.
Для полного душевного спокойствия: Ему стоит найти свой военный билет (или справку). Если его нет — обратиться в военкомат по месту жительства для постановки на воинский учет (как гражданина, не подлежащего призыву) и получения соответствующего документа. Это избавит от любых вопросов в будущем при приеме на работу и т.д.
Так что можете его успокоить. Закон на его стороне.
 
 Если информация оказалась для Вас полезной, я буду признателен за положительную оценку моего ответа.