Более года назад один из участников ООО вышел из состава ООО, доля была распределена на ООО, то есть сейчас 50% (5000 руб.) принадлежит 1 участнику - физ

Добрый день. 
В соответствии с пунктом 2.  ст. 24 Закона № 14-ФЗ — «В течение одного года со дня перехода доли или части доли в уставном капитале общества к обществу они должны быть по решению общего собрания участников общества распределены между всеми участниками общества пропорционально их долям в уставном капитале общества или предложены для приобретения всем либо некоторым участникам общества и (или), если это не запрещено уставом общества, третьим лицам.» 

Законом №14-ФЗ строго установлены сроки для распределения доли общества между участниками или продажи ее третьим лицам, при пропуске срока общество имеет возможность только погасить долю и уменьшить уставный капитал.

А если размер уставного капитала Общества после его уменьшения составит менее установленного п.1 ст. 14 Закона № 14-ФЗ значения (10 тыс. рублей)? В таком случае Общество подлежит ликвидации в порядке, предусмотренном ст. 61-65 Гражданского кодекса Российской Федерации.

В вашем случае, если не хотите ликвидировать Общество, нужно принять решение о распределение доли. 
Напишите мне в сообщение, расскажу как это сделать.