Можно установить окна по причине непригодности старых окон за свой счет в муниципальной квартиры

Заменить окна за свой счёт в муниципальной квартире можно, но помните про роли сторон: наймодатель (муниципалитет) обязан обеспечивать надлежащее состояние и капремонт, наниматель — текущий ремонт. 
Если окна объективно непригодны, сначала направьте письменное заявление наймодателю с просьбой обследовать и заменить; это создаст базу для компенсации расходов при вынужденной замене. 
«Равнозначная» замена без изменения размеров проёма и внешнего вида фасада обычно не требует согласований как перепланировка/переустройство. 
Но если вы меняете конфигурацию проёма (панорамные/«французские» окна) или затрагиваете остекление балкона и фасад, это уже вопрос общего имущества — нужны согласование с органом власти, а иногда и согласие всех собственников; иначе работы признают самовольными. 
За самовольное переустройство предусмотрен штраф и обязанность привести в прежнее состояние.
Крайняя мера при серьёзных нарушениях — иск наймодателя о расторжении соцнайма (например, при повреждении помещения), но это редкость и решается в суде. 
Чтобы исключить претензии, получите письменное согласие наймодателя (или хотя бы уведомьте его), соблюдайте единый вид фасада дома, храните акт осмотра, договор и чеки.
Если наймодатель необоснованно отказал, а вы заменили окна по необходимости, суды нередко взыскивают расходы при доказанности непригодности и предварительного обращения.