Добрый день.
Для постановки на учет молодая семья должна быть признана нуждающейся в жилом помещении.
При определении для молодой семьи уровня обеспеченности общей площадью жилого помещения не учитывается жилое помещение, приобретенное (построенное) за счет средств жилищного кредита, предусмотренного указанными подпунктами, обязательства по которому полностью не исполнены, либо не исполнены обязательства по кредиту (займу) на погашение ранее предоставленного жилищного кредита (п. 7 Правил предоставления молодым семьям социальных выплат на приобретение (строительство) жилья и их использования, утв. Постановление Правительства РФ от 17 декабря 2010 г. N 1050).
Таким образом, наличие ипотеки не будет препятствием для участия в гос.программе.