Могу ли я устроиться на должность к нему в подчинение, если муж ИО на полгода

Здравствуйте!
Нет, не можете.
Согласно пп. «з» п. 10 ст. 11 Положения о порядке прохождения военной службы, утвержденного указом Президента РФ от 16 сентября 1999 г. № 1237, военнослужащим, состоящим между собой в близком родстве (родители, супруги, дети, родные братья, родные сестры, а также родные братья, сестры, родители и дети супругов), не разрешается проходить военную службу в одной воинской части, если один из них непосредственно подчинен или непосредственно подконтролен другому.
При этом не важно кем он является Врио или Врид, вы все равно будете находиться у него в подчинении!
Вы можете устроиться по истечении временного исполнения им обязанностей, при условии, что по штатной его должности он также не будет являться вашим начальником.
 Удачи в решении вашего вопроса.
 С уважением!