Как я понял, штрафы могут начислить еще какие-то?

Здравствуйте, Арсен!

Свяжитесь с налоговой как можно скорее.
Лучше сделать это письменно (электронно через кабинет налогоплательщика или заказным письмом) и объяснить ситуацию: вы получили патент, но доход ИП превышает лимит, поэтому по закону ПСН применяться не может.
На практике налоговая в таких случаях может:

аннулировать патент задним числом,
назначить уведомление о том, что с даты начала патента налогообложение должно было идти по общей системе/УСН.
Формально отдельной «формы для отмены патента» нет: отмена оформляется письменно через налоговую или через кабинет налогоплательщика. Главное — чтобы в документах был факт, что вы сообщили о невозможности использования ПСН.

За неправильное применение ПСН штрафов обычно нет, если вы сами уведомили налоговую до начисления налога.
Если оплата по патенту уже была произведена, налоговая зачислит её как переплату или зачтёт в будущем.
Если налоговая обнаружит ошибку позже, она может перерасчитать налог по правильной системе (УСН) и начислить разницу с пенями. Поэтому лучше действовать активно и уведомить налоговую заранее.

Сделайте письмо в налоговую с указанием вашего ИП, номера патента, даты его выдачи и объяснением, что доход превышает лимит.
Просите аннулировать патент с даты его выдачи.
Проверка последующих операций.

Не проводите налоговые платежи по патенту после уведомления налоговой.
Оплачивайте налоги по УСН (или другой выбранной системе) корректно.

Если хотите, я могу составить образец письма в налоговую для аннулирования патента

Если Вы получили достаточный ответ на свой вопрос, буду благодарен отзыву!

За более подробной консультацией Вы можете обратиться ко мне в чат

Также Вы можете отблагодарить за проделанную работу! отблагодарить