И если сестра подаст на приватизацию этой муниципальной квартиры, что делать?

Чтобы вернуть прописку после выписки через суд, можно попробовать обжаловать решение. Согласно ст. 320 ГПК РФ, есть право подать апелляционную жалобу в течение месяца со дня принятия решения суда в окончательной форме. Если срок пропущен, можно ходатайствовать о его восстановлении, если причины пропуска были уважительными (ст. 112 ГПК РФ). 

Также можно подать заявление об отмене заочного решения суда в соответствии со ст. 237 ГПК РФ, если не участвовали в судебном процессе и не были извещены надлежащим образом. Ещё один вариант — подать заявление о пересмотре судебного решения по вновь открывшимся обстоятельствам (глава 42 ГПК РФ). 

Если сестра подаст на приватизацию муниципальной квартиры, то по закону для неё требуется письменное согласие всех зарегистрированных жильцов. В случае с детьми необходимо согласие их законного представителя. 

Если моя консультация оказалась полезной, оставьте, пожалуйста, положительный отзыв. С уважением, Александр

Выписка вашего мужа через суд без его уведомления является грубым процессуальным нарушением. Согласно статье 113 Гражданского процессуального кодекса РФ (ГПК РФ), лица, участвующие в деле, извещаются о времени и месте судебного заседания. Надлежащее извещение является гарантией права на справедливое судебное разбирательство, закрепленного  статьей 46 Конституции РФ.
Если суд не установил его местонахождение и вынес решение в его отсутствие, это прямое основание для отмены данного решения.

Вам необходимо получить копию решения суда. Обратитесь в районный суд по месту нахождения квартиры с запросом о выдаче копии решения, на основании которого муж был снят с регистрационного учета.
Подать заявление о пересмотре по вновь открывшимся обстоятельствам или апелляционную жалобу.
В зависимости от того, истекли ли сроки на обжалование, необходимо подать соответствующее заявление (ст. 394 ГПК РФ — пересмотр по вновь открывшимся обстоятельствам; гл. 39 ГПК РФ — апелляционное обжалование). К заявлению приложите ходатайство о восстановлении срока на обжалование, так как вас не известили о суде (ст. 112 ГПК РФ).

Вашего мужа не известили о времени и месте судебного заседания, что лишило его возможности представить свои возражения и доказательства. Восстановление его регистрации напрямую связано с правом на жилище его несовершеннолетней дочери.
Право на приватизацию имеют только лица, постоянно зарегистрированные в муниципальной квартире. Поскольку ваш муж и его дочь были незаконно выписаны, они сохраняют право участвовать в приватизации.

Вам нужно восстановить регистрацию. После отмены решения суда о снятии с учета вы сможете восстановить регистрацию мужа и его дочери через органы МВД (УВМ). Подать заявление в орган, осуществляющий приватизацию. Как только регистрация будет восстановлена, ваш муж должен подать в местную администрацию (или иную уполномоченную организацию) официальное заявление о своем намерении участвовать в приватизации этой квартиры. Сделать это нужно до момента, пока сестра не получила свидетельство о собственности.
Обжаловать договор приватизации, если он уже заключен. Если сестра успеет оформить приватизацию в свою пользу до восстановления вашей регистрации, этот договор можно будет оспорить в суде. Основанием будет то, что при заключении договора были нарушены права несовершеннолетнего ребенка и законные права вашего мужа как нанимателя (ст. 166, 167 ГК РФ). Суд может признать такую сделку недействительной.
Особое внимание стоит уделить правам несовершеннолетней дочери. Отказ от участия в приватизации ребенка возможен толькос предварительного разрешения органа опеки и попечительства, которое в данной ситуации получить практически невозможно (Семейный кодекс РФ, ст. 64).