Здравствуйте. Из вашего описания следует, что в договоре были зафиксированы габаритные размеры двери с учётом коробки, и клиент договор подписал, то есть подтвердил согласие с указанными параметрами. По общему правилу, договор считается заключённым на согласованных условиях, и сторона не вправе ссылаться на то, что ожидала иные характеристики товара (ст. 432, 435, 438 ГК РФ).
Если в договоре прямо не указано, что речь идёт о размере «по световому проёму», а также нет требований о необходимости заноса/выноса оборудования, ответственность за неверные ожидания лежит на покупателе. Требование о возмещении обычно возможно только при наличии недостатка товара либо нарушении условий договора со стороны продавца, а в вашем случае этого не усматривается.
Сейчас вы можете предоставить клиенту копию договора с указанием согласованных габаритов и акта установки, пояснив, что работы выполнены в соответствии с параметрами, одобренными заказчиком. Если клиент продолжит настаивать, разумно предложить ему оформление дополнительного заказа на замену двери на иных условиях. Если потребуется более точная позиция — уточните, делает ли клиент письменную претензию и что именно он требует компенсировать.