Правомерен ли мне отказ, если да, то на основании какие документов?

Согласно Приказу МЧС России от 27.06.2024 № 539 «Об утверждении Порядка обеспечения денежным довольствием сотрудников федеральной противопожарной службы Государственной противопожарной службы, предоставления им отдельных выплат, а также членам их семей» (который вы упомянули как Приказ № 539), регулируется порядок выплат.
Пункт 156 (или соответствующий пункт нового приказа) предусматривает оказание материальной помощи при возникновении определенных жизненных обстоятельств (рождение ребенка, смерть родственников, тяжелое материальное положение).
Пункт 150 (или соответствующий пункт нового приказа) устанавливает правило, что материальная помощь, выплачиваемая по другим основаниям (например, в связи с рождением ребенка), учитывается при назначении ежегодной материальной помощи к отпуску.
 
Приказ № 539 устанавливает, что в течение одного календарного года сотруднику может быть оказана только одна выплата материальной помощи по основаниям, перечисленным в приказе.
Вы получили материальную помощь в 2025 году на основании рождения дочери (пункт 156).
Ежегодная материальная помощь, выплачиваемая к отпуску, является одной из форм материальной помощи, регулируемой тем же приказом (обычно пункт 150).
Поскольку вы уже получили одну материальную помощь в 2025 году, вам правомерно отказали в предоставлении второй выплаты в том же календарном году.
 
Что делать
Запросите официальный письменный отказ: Если вы получили устный отказ, запросите официальное письменное уведомление с указанием конкретных пунктов приказа.
Проверьте текст приказа: Ознакомьтесь с актуальной версией Приказа МЧС № 539 (от 27.06.2024) на сайтах правовой информации (например, consultant.ru, garant.ru), чтобы убедиться в правильности толкования пунктов 150 и 156.
Дождитесь следующего года: Вы сможете подать рапорт на получение ежегодной материальной помощи только в следующем календарном году.