Можно ли оспорить отказ указать, что туберкулез возник во время службы, и получить выплаты?

Оспаривание диагноза и причинной связи заболевания с военной службой:
Военно-врачебная комиссия (ВВК) выносит заключение о причинной связи заболевания с прохождением военной службы на основании медицинских документов, включая справки, истории болезни и другие материалы. Если в заключении не указано, что заболевание возникло во время службы, это можно оспорить. 
Для пересмотра заключения ВВК необходимо обратиться в бюро медико-социальной экспертизы (МСЭ) с заявлением и приложить документы, подтверждающие факт заболевания в период военной службы (например, медицинские записи, результаты обследований). 
Если ВВК отказала в установлении причинной связи, можно обратиться в вышестоящую военно-врачебную комиссию или провести независимую экспертизу. 
Необходимость медицинских документов:
Для подтверждения факта заболевания в период службы важны медицинские записи, включая результаты обследований, проведённых до и во время службы. Если у вас есть снимки или другие документы, подтверждающие состояние здоровья до мобилизации, их следует предоставить в ВВК.
Отсутствие снимков за полгода до мобилизации не обязательно исключает возможность установления причинной связи, но может усложнить процесс. Важно собрать все доступные медицинские документы, которые могут подтвердить динамику заболевания
Если ответ был полезным, оставьте пожалуйста отзыв.

Добрый вечер.

И положены какие либо выплаты по этому заболеванию?

 Если не будет установлена инвалидность — то выплаты за заболевание не производится.

Поскольку речь идет о заболевании, которое само по себе не является травмой (ранением, контузией или иным увечьем) — то оно не является самостоятельным основанием для получения денежной выплаты.

Исходя из содержания указа Президента РФ от 05.03.2022 N 98 «О дополнительных социальных гарантиях военнослужащим, лицам, проходящим службу в войсках национальной гвардии Российской Федерации, и членам их семей» следует, что 

единовременная выплата назначается в случае получения военнослужащим ранения (контузии, травмы, увечья) в ходе проведения специальной военной операции (при выполнении специальных задач).

Аналогичным образом, речь идет и о получении страховых выплат, где в силу ст. 4 ФЗ  от 28.03.1998 N 52-ФЗ к страховым случаям относятся

получение застрахованным лицом в период прохождения военной службы, службы, военных сборов увечья (ранения, травмы, контузии);

Заболевание не относится к числу оснований для назначения выплат в связи с его получением.

Получить за него выплату Вы сможете только в том случае, если на ВВК данное заболевание будет определено как военная травма.

Но решение о причинной связи полученного заболевание с прохождением военной службы и его диагностирование отнесено к исключительной компетенции ВВК, на что указывалось в Обзоре практики утв. Президиумом Верховного Суда РФ 23.12.2015

20. Установление причиной связи увечья, заболевания сотрудника органов внутренних дел с исполнением служебных обязанностей (формулировка «военная травма») относится к исключительной компетенции военно-врачебных комиссий.

В связи с чем

Положили в госпиталь, врач говорит что в заключение не будут писать « заболел во время несение службы» можно это оспорить?

 Если Вы намерены оспорить данный вывод — то придется обращаться в суд с предоставлением доказательств того, что вынесенное заключение является ошибочным.