Может ли банк кредитор (автокредитование) при получении очередного платежа самостоятельно распределять денежные средства в независимости, что указано в платежном поручении плательщика?

Здравствуйте! 

Да, банк-кредитор (в случае с автокредитом) имеет право самостоятельно распределять полученные платежи по договору, независимо от указаний в платежном поручении плательщика. Это прямо предусмотрено законом.

Правовое обоснование:
Статья 319 Гражданского кодекса РФ (ГК РФ). Это ключевая норма. В ней установлена очередность погашения требований при недостаточности суммы платежа для покрытия всего долга. Если плательщик не указал иное в договоре, погашаются в следующем порядке:

1-я очередь: Издержки кредитора по получению исполнения (например, комиссии).
2-я очередь: Проценты за пользование кредитом.
3-я очередь: Основной долг (тело кредита).
Условия кредитного договора. В вашем договоре с банком (в разделе о порядке погашения) почти наверняка есть пункт, который либо ссылается на ст. 319 ГК РФ, либо прямо устанавливает тот же самый порядок: сначала проценты, потом основной долг. Этот пункт имеет приоритет.
Позиция Верховного Суда РФ (п. 26 Постановления Пленума ВС РФ от 22.11.2016 № 54) подтверждает, что банк применяет ст. 319 ГК РФ, если договором не установлен иной порядок.
Что это значит на практике?
Пример: У вас есть просрочка по процентам. Вы отправляете платеж на сумму, достаточную только для погашения части основного долга, и в назначении платежа пишете: «Погашение основного долга по кредитному договору №...».
Действия банка: Банк проигнорирует ваше указание. Он сначала зачислит эту сумму в счет погашения просроченных процентов и пеней (издержки и проценты по ст. 319 ГК РФ), а оставшуюся часть — в счет основного долга.
Итог: Основной долг уменьшится не так, как вы планировали, а просрочка (которая портит кредитную историю и ведет к начислению штрафов) останется.
Когда плательщик может управлять распределением?
Только в двух случаях:

Если это прямо предусмотрено кредитным договором. Некоторые банки (редко) допускают возможность указать назначение платежа в мобильном приложении или онлайн-банке.
При полном и досрочном погашении. Здесь вы вправе указать, что сумма идет на полное погашение основного долга и всех начисленных процентов на конкретную дату.
Что вам делать?
Внимательно изучите свой кредитный договор (раздел о порядке погашения).
Чтобы эффективно гасить долг, всегда вносите платежи в полном размере, указанном в графике платежей, и строго в срок. Тогда банк автоматически распределит сумму правильно: часть на проценты, часть на основной долг.
Если есть просрочка, сначала погасите всю задолженность (проценты, пени, основной долг за пропущенные периоды), и только потом платежи начнут уменьшать «тело кредита» в обычном режиме.
Если вы хотите сделать частичное досрочное погашение, уточните в банке их процедуру. Обычно для этого нужно подать специальное заявление, и тогда сумма будет списана именно в счет уменьшения основного долга.
Вывод: Указания в платежном поручении при оплате автокредита не имеют приоритета перед законом. Банк будет распределять деньги по закону (ст. 319 ГК РФ) и условиям вашего договора. Ваша главная задача — своевременно вносить полную сумму по графику.