Здравствуйте Александр,
Так как Вы имеете постоянную регистрацию в Самаре, а стоите на ВУ в Оренбурге, где фактически проживаете, то у Вас нет необходимости вставать на ВУ в Самаре. Так как, Вы стоите на ВУ по месту пребывания. Это допустимо, даже если место пребывания не подтверждено регистрацией.
Однако, Вам необходимо уведомить об этом в 2-х недельный срок военный комиссариат Самары, где Вас хотят поставить на первичный воинский учет.
Эта обязанность предусмотрена подп. г п. 50 «Положения о воинском учете», утвержденного Постановлением Правительства РФ от 27.11.2006 N 719:
50. Граждане, подлежащие воинскому учету, обязаны:
г) сообщить в письменной или электронной форме в военный комиссариат либо в местную администрацию соответствующего поселения, муниципального или городского округа, осуществляющую первичный воинский учет, сведения об изменении семейного положения, образования, места работы (учебы) или должности, о переезде на новое место пребывания, не подтвержденные регистрацией, либо о выезде из Российской Федерации на срок более 6 месяцев или въезде в Российскую Федерацию либо явиться в военный комиссариат в 2-недельный срок со дня наступления указанных событий (при отсутствии уведомления от военного комиссариата об изменении сведений в автоматизированном режиме с учетом требований статьи 81 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе»). Направить соответствующее заявление в военный комиссариат возможно в том числе с использованием портала государственных и муниципальных услуг (функций);
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_64215/d850b385829467332781e7210c18911254cf0151/
Письменно уведомите о том, что несмотря на постоянную регистрацию в Самаре, Ваше место пребывания (подтвержденное или не подтвержденное регистрацией) — в Оренбурге по такому то адресу, где Вы и состоите на ВУ. Уведомление возможно направить через Госуслуги. В таком случае Ваши обязанности по ВУ будут исполнены должным образом.
Желаю удачи,