Здравствуйте, я иностранный студент, учусь в заочном формате, прилетел 14-го сентября и через 10 дней меня

Если кратко: идти в МВД нужно, серьёзных санкций в большинстве случаев не будет, но действовать лучше правильно.

1. Что произошло юридически
Иностранный гражданин обязан:

встать на миграционный учёт в течение 7 рабочих дней с момента въезда (если нет льгот);
при смене места пребывания или истечении срока — продлить регистрацию заранее.
То, что вас «сняли с учёта», означает, что:

принимающая сторона (общежитие, арендодатель и т.п.) прекратила регистрацию;
формально вы находились в РФ без действующего миграционного учёта.
2. Что будет, если сейчас пойти в МВД
На практике:

чаще всего оформляют административный штраф по ст. 18.8 КоАП РФ (обычно 2 000–5 000 ₽, в Москве/СПб — до 7 000 ₽);
выдворение применяется редко, как правило при повторных нарушениях или отягчающих обстоятельствах.
Факт того, что вы:

студент;
учитесь заочно;
пытались продлить регистрацию;
— играет в вашу пользу.
3. Что делать сейчас
Не затягивать и обратиться в МВД по вопросам миграции.
Взять с собой:

паспорт;
миграционную карту;
документы из вуза;
документы от принимающей стороны (если есть).
Подать документы на новую постановку на учёт.
Если примут решение о штрафе — лучше оплатить и легализоваться, чем продолжать находиться без учёта.

4. Важный момент
То, что прошло почти 3 месяца, не усугубляет автоматически наказание, но чем дольше тянуть, тем выше риск более жёсткой реакции.

Итог
Да, идти в МВД нужно.
Вероятнее всего — штраф без выдворения.
Чем раньше обратитесь и приведёте статус в порядок, тем лучше ваша позиция.