Да, вы вправе подать иск в суд независимо от того, находится застройщик в местах лишения свободы или нет. Уголовное дело против него не отменяет ваших гражданских требований. Вы можете взыскать неустойку, убытки, расходы на аренду жилья или даже потребовать расторжения договора и возврата денег. Подавайте иск в арбитражный суд (если ДДУ зарегистрирован) или в суд общей юрисдикции — в зависимости от статуса застройщика. Также разумно включиться в реестр требований дольщиков, если в отношении застройщика возбуждено банкротство. Сроки исковой давности (обычно 3 года с момента нарушения) необходимо учитывать.