Законно ли это что до сих пор они числят меня студентом и просят оплатить деньги?

Здравствуйте.

Кратко: требования об оплате могут быть незаконными, если Вы не подавали заявление о выходе из академического отпуска и фактически обучение не возобновляли.

По общему правилу:

Академический отпуск предоставляется и прекращается только на основании заявления обучающегося.
Без Вашего письменного заявления о выходе из академического отпуска вуз не вправе считать Вас восстановленной и обучающейся.
Если после окончания академического отпуска заявление о выходе не подано, вуз обязан был:

либо продлить академический отпуск (при наличии оснований),
либо отчислить за невыход из академического отпуска в установленном порядке.
Восстановление без заявления обучающегося не соответствует законодательству об образовании. Соответственно, начисление платы за обучение за период, когда Вы фактически не обучались и не выражали волю на продолжение обучения, может быть признано неправомерным.
Сам факт того, что вуз «числил» Вас студентом, сам по себе не создаёт обязанность оплачивать обучение, если:

не было заявления о выходе из академического отпуска;
не заключалось дополнительное соглашение к договору;
Вы не приступали к обучению.
Что рекомендуется сделать:

запросить в вузе копии всех приказов:

о предоставлении академического отпуска;
о якобы восстановлении;
о начислении платы;
проверить, имеются ли Ваши подписи или заявления;
при отсутствии заявлений — подать письменную претензию с требованием отмены начислений;
при необходимости — обращаться в Рособрнадзор или в суд.
Итог:
Если восстановление произошло без Вашего заявления, а обучение фактически не велось, требования об оплате с высокой вероятностью не являются законными и подлежат оспариванию.