Здравствуйте. Действия налоговой инспекции в данном случае правомерны, если продажа квартиры (всех долей одновременно) была оформлена одним общим договором купли-продажи.
Согласно действующему законодательству, при реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, единой сделкой, размер имущественного налогового вычета (1 000 000 рублей) распределяется между совладельцами пропорционально их долям. Тот факт, что второй продавец освобожден от уплаты налога из-за длительного срока владения, к сожалению, не дает права передать его неиспользованную часть вычета второму собственнику.
Чтобы каждый из продавцов мог получить вычет в размере 1 миллиона рублей отдельно, необходимо было продавать доли по разным договорам купли-продажи. Так как сделка уже совершена одним договором, отказ налоговой соответствует положениям подпункта 3 пункта 2 статьи 220 Налогового кодекса РФ.