Здравствуйте, муж подписал контракт, и скрылся, прошло уже почти 3 года, он как потом узнали в федеральном розыске, а сегодня его забрала военная прокуратура, что с ним будет дальше?

Я не практикую консультацию по Уяк РФ но отвечу вам.

В хорошем случае, это уволят по несоблюдение условий контракта. И обяжут вернуть денежные средства затраченные на его содержание за исключением заработной платы и вознаграждение за  подписания первого контракта. 

За самовольное оставление части до пяти лет лишение свободы, в лучшем случае условно. Тут будут смотреть на семейное положение, и отьягчающие обстоятельства. Бывает со всеми, захотел служить,  а потом передумал по своим семейным причинам. 

Ук РФ ст. 337. Пп 2.1