Виктория!
Есть общие правила Дисциплинарного Устава ВС РФ, изложенные в статья 106:
Письменные обращения, направляемые военнослужащим должностным лицам воинской части, излагаются в форме рапорта.
107:
Должностные лица воинской части должны внимательно относиться к поступившим обращениям (предложениям, заявлениям или жалобам). Они несут личную ответственность за своевременное их рассмотрение и принятие мер.
А также 119:
119. Обращения (предложения, заявления или жалобы), поступившие в воинскую часть, в срок не более трех суток регистрируются в Книге учета письменных обращений (предложений, заявлений или жалоб) воинской части (приложение N 4) и в обязательном порядке докладываются командиру воинской части и (или) соответствующему должностному лицу.
Полагаю, что установленный порядок отправки и регистрации письменных обращений (рапортов) командованию части можно считать соблюдённым скорее при отправке рапорта в письменном виде с доказательствами отправки почтой или он-лайн, но также через сервисы Почты России или по электронной почте, но не просто он-лайн сообщением через мессенджер.
Указанные выше способы отправки полагаю допустимыми и не нарушающими какие-то требования, в том числе и по безопасности и охране государственной тайны.
Запрета на отправление рапорта в электронной форме формально нет в силу того же приказа Министра обороны РФ от 18 августа 2014 г. N 555
Но лучше рапорт отправить почтой или службой доставки в конверте конечно с уведомлением о вручении