Здравствуйте, Сергей.
В статье 4 Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ «Об электронной подписи» закреплены следующие принципы использования электронной подписи
1) право участников электронного взаимодействия использовать электронную подпись любого вида по своему усмотрению, если требование об использовании конкретного вида электронной подписи в соответствии с целями ее использования не предусмотрено федеральными законами или принимаемыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами либо соглашением между участниками электронного взаимодействия;
3) недопустимость признания электронной подписи и (или) подписанного ею электронного документа не имеющими юридической силы только на основании того, что такая электронная подпись создана не собственноручно, а с использованием средств электронной подписи для автоматического создания и (или) автоматической проверки электронных подписей в информационной системе.
Порядок регистрации транспортных средств установлен Приказом МВД России от 21.12.2019 №950. В данном приказе отсутствуют сведения о наличии запрета на применение электронной подписи в договоре купли-продажи.
Данный Вам отказ на вышеуказанном основании является незаконным.
Обратитесь с жалобой к руководству ГАИ. Думаю этого будет достаточно, ну а если не поможет, то обращаться к вышестоящему руководству, в прокуратуру, звонить на телефон доверия.