Здраствуй Иван! Ситуация вашего знакомого юридически сложная, так как она объединяет гражданское право (отмена решения о смерти) и военно-уголовное право (дезертирство или самовольное оставление части).
Первым делом необходимо «вернуть человека к жизни» в правовом поле. Согласно ст. 46 ГК РФ, в случае явки гражданина, объявленного умершим, суд обязан отменить ранее вынесенное решение.
Дальнейшие шаги это обращение как в СК так и в военную комендатуру.
Однако: пока решение суда о смерти не отменено, он юридически не существует, что лишает его возможности официально защищаться. Отмена решения о смерти — это первый и неизбежный шаг.
В Вашем вопросе я вижу некоторые шероховатости, можете подробно мне написать лично, обсудим все ньюансы.