Здравствуйте.
Наличие ипотеки на нежилое помещение не автоматически лишает вас права на получение жилья в рамках обеспечения военнослужащего, но это зависит от конкретных обстоятельств и условий вашего случая.
Согласно Федеральному закону №76-ФЗ «О статусе военнослужащих», государство гарантирует военнослужащим обеспечение жилыми помещениями в форме предоставления денежных средств на приобретение или строительство жилья либо предоставления жилых помещений в порядке, установленном законом.
Но тут есть ряд нюансов!
Если Вам нужна очень подробная консультация по Вашему вопросу, напишите в личное сообщение (чат). Вот ссылка: pravoved.ru/lawyer/2384674/
Желаю Вам удачи!