Ситуация неоднозначная, но ваши права нарушены, поскольку удостоверение выдано. Факт выдачи подтверждает, что на момент оформления документов все условия были соблюдены. Отказ задним числом неправомерен.
Действуйте по порядку:
Согласно п. 11(2) Правил (утв. ПП РФ № 1097), срок действия успешно сданной теории составляет 6 месяцев. Вы были допущены к практике и сдали ее — значит, ГИБДД подтвердило, что срок не истек на момент экзамена.
Водительское удостоверение выдано. Оснований для аннулирования, предусмотренных п. 23.1 Правил, здесь нет (вашей вины или предоставления подложных документов не установлено). Выдача прав означает завершение процедуры и отсутствие претензий.
Если в базе данных возник сбой или должностное лицо ошиблось, это ответственность ведомства (ст. 2, 18 Конституции РФ). Подайте жалобу на имя начальника МРЭО ГИБДД через официальный сайт Госавтоинспекции. Потребуйте устранить нарушение, ссылаясь на дату выдачи удостоверения.
При отказе обращайтесь в прокуратуру (ст. 10 ФЗ «О прокуратуре РФ») для проверки законности действий должностных лиц ГИБДД, которые де-факто оспаривают собственное решение о допуске к экзамену и выдаче прав.