Подать заявление на единое пособие по беременности вы можете только по месту постоянной регистрации или по месту фактического проживания при наличии временной регистрации. Тот факт, что вы стоите на учете по беременности в другом регионе, не дает права на оформление пособия там без регистрации.
Решение:
Оформите временную регистрацию в регионе, где фактически живете и наблюдаетесь по беременности. Это можно сделать через МФЦ или Госуслуги, если есть согласие собственника жилья.
После получения временной регистрации подавайте заявление на пособие по месту пребывания — отказ уйдет.
Если временную регистрацию оформить невозможно, подавайте заявление только по адресу постоянной регистрации. Отсутствие запроса о фактическом проживании в форме на Госуслугах — техническая особенность, заявление просто уйдет в СФР того региона, где вы прописаны, и там его рассмотрят.