Здравствуйте! В вашей ситуации разрешение от отца на выезд ребёнка, как правило, не требуется, если ребёнок выезжает вместе с матерью и между родителями нет разногласий по выезду. Российские пограничные органы обычно не требуют нотариального согласия второго родителя, если ребёнок следует с одним из них.
Однако важно учитывать, что в стране въезда (в вашем случае Киргизия) правила могут отличаться, но для граждан Кыргызстана при возвращении на родину с одним из родителей, как правило, дополнительных разрешений тоже не требуется.
Проблемы на границе могут возникнуть только если от отца ранее было подано заявление о запрете на выезд ребёнка из РФ. Если такого запрета нет, ребёнка спокойно выпустят.
Для подстраховки иногда рекомендуют оформить нотариальное согласие от отца, но это не обязательное требование, а скорее мера на случай дополнительных вопросов.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!