На сегодняшний день у квартиры 5 собственников: у двоих по 1/3 доли (они владеют недвижимостью больше трех лет), у троих по 1/9 (срок владения недвижимостью - полтора года)

6 миллионов 824 тысячи 108 рублей — это стоимость квартиры целиком? 

если да, то тогда налог будет считаться с рыночной стоимости, 1300000 — 1000000=300000*13%=39000 р. 

 И какие еще способы оформления купли продажи можно выбрать тем, кто владеет недвижимостью менее трех лет?

Другие собственники могут выкупить доли у наследников, а затем продать всю квартиру. Срок владения имуществом будет исчисляться с момента возникновения права на первую долю в квартире (т.е. более 3хлет в результате наследования).  В этом 

п 1 ст 220 НК РФ 

В случаях, предусмотренных настоящей главой, при определении размера налоговых баз налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей главой:

 1) имущественный налоговый вычет при продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном капитале общества, при выходе из состава участников общества, при получении денежных средств, иного имущества (имущественных прав) акционером (участником, пайщиком) организации в случае ее ликвидации, при уменьшении номинальной стоимости доли в уставном капитале общества, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством);

п 2 ст 220 НК РФ

имущественный налоговый вычет предоставляется:

 в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;

так как доли получены по наследству иного уменьшения налогооблагаемой базы нет. 

Поэтому сделки по купли-продаже долей придется заверять у нотариуса. Если бы отчуждались целиком все доли, тогда договор можно было бы сдать сразу в мфц, без заверения нотариуса.