Здравствуйте.
В соответствии с п. 3 абзаца 4 ст. 170 и ст. 172 НК РФ «входящий» НДС по товарам (работам, услугам), используемым исключительно в облагаемых НДС операциях, принимается к вычету полностью.
То есть если услуги Компании Б задействованы только в рамках облагаемой сделки, то применять пропорцию (п. 4.1 ст. 170 НК) к этим услугам не нужно.
Это подтверждает и письмо Минфина России (№ 03-07-15/02 от 11.01.2007), согласно которому НДС по таким расходам вычитается независимо от наличия раздельного учета (ст. 171–172 НК требует для вычета правильно оформленный счёт-фактуру и оприходование услуг).
Условия полного вычета 100% НДС:
Исключительное использование в облагаемых операциях.
Услуги Б должны быть приобретены и документально подтверждены как относящиеся только к облагаемой НДС услуге для покупателя. В этом случае налог на такие услуги принимается к вычету в полном объёме. Если же услуги Б используются частично в не облагаемой деятельности, применяется пропорция по ст. 170 НК.
Раздельный учёт.
Даже при отдельном учёте разных направлений выручки компания обязана вести раздельный учёт «входного» НДС по облагаемым и необлагаемым операциям.
Учетная политика должна устанавливать методику распределения НДС (например, право прямого отнесения расходов к облагаемой деятельности). Без раздельного учёта весь «входной» НДС по смешанным расходам исключается из вычетов (п. 4 ст. 170 НК).
Методика учётной политики.
В учетной политике компании нужно прописать правила распределения расходов: какие услуги относятся исключительно к облагаемой деятельности, а какие являются общехозяйственными.
По услугам Б следует предусмотреть прямое отнесение входного НДС на облагаемые операции.
Правило «5%» не актуально.
Согласно п. 4 абз. 9 ст. 170 НК РФ можно не вести раздельный учёт (и принять весь НДС к вычету), если расходы по необлагаемым операциям не превышают 5%. У вас доля «без НДС» доходов – 25%, поэтому это правило не применимо.
Проверка вида операций.
Убедитесь, что сделка с покупателем действительно облагаемая НДС (лицензии попадают под льготу ст. 149 НК только при строгом соблюдении условий, иначе эта продажа тоже должна облагаться НДС). Ошибочная льгота может повлечь доначисление исходящего НДС!
Необходимые документы:
Счёт-фактура и акт.
У вас должен быть правильно оформленный счёт-фактура от Компании Б с выделенным НДС, а услуги — отражены в учёте (приняты к учёту, списаны с логов и т.п.).
Только после оприходования (оформления акта оказанных услуг) можно заявлять вычет.
Договор и спецификации.
В договоре с Б (или дополнительных соглашениях) желательно указать, что работы выполняются в рамках конкретного облагаемого проекта (договор купли-продажи услуг с покупателем). Технические задания, спецификации, заказ-наряды и другие документы должны подтверждать связь услуг Б именно с этой облагаемой услугой покупателю.
Акты с детализацией.
При оформлении акта оказанных услуг приводите подробную расшифровку выполненных работ (привязку к задачам по договору с покупателем). Это важно для доказательства налоговой, что услуги Б были задействованы только в облагаемой части деятельности.
Регистры и переписка.
Заводите в учётные регистры раздел «входной НДС облагаемых операций». Храните переписку, приказы и иные внутренние документы, подтверждающие, что Компания Б привлекалась исключительно для выполнения облагаемого договора.
Соблюдение требований НК.
Напоминаю, что по ст. 171–172 НК РФ для вычета НДС требуются первичные документы по сделке. Без доказательств прямой связи услуг Б с облагаемой услугой и без правильно оформленных документов налоговая может отказаться от вычета (согласно п. 1 ст. 171, ст. 172 и ст. 54.1 НК РФ).
Вывод: при выполнении всех перечисленных условий (чёткое документальное разграничение деятельности, раздельный учёт и подтверждающие документы) «входной» НДС по услугам Компании Б может быть принят к вычету в полном объёме.