День добрый, ситуация следующая, я военнослужащий по контракту, в данный момент прохожу обучение в высшем

Здравствуйте.

это не автоматическое “списание”, а решение, которое принимает командование и аттестационные органы.

Гражданский кодекс Российской Федерации и, главное, Федеральный закон «О воинской обязанности и военной службе» предусматривают возможность увольнения контрактника:

 по семейным обстоятельствам, включая:

необходимость ухода за несовершеннолетним ребёнком;
воспитание ребёнка без второго родителя.

основание работает, если военнослужащий фактически является единственным, кто воспитывает ребёнка.

Но в вашем случае есть нюанс:

вы — не родитель;
ребёнок — сестра жены;
есть действующий опекун (по вашим словам — близкий родственник).
Поэтому для увольнения критично:

будет ли официально прекращена опека у текущего опекуна
будет ли назначена опека вам
и признают ли вас единственным лицом, обязанным осуществлять уход