Ребенку 6 лет, оказался к реестре контролируемых лиц.Я Гражданин РФ а ребёнок гражданин Азербайджана.Были на МВД и протокол составлен.что делать дальше мне

Так привлекли к ответственности по какому основанию? В протоколе какая статья КоАП? Ст 18.8 КоАП?

Он все это время как въехал в РФ без регистрации получается? 

Нужно точно понимать какое основание внесения в РКЛ. Но сейчас в любом случае нужно выводить ребенка из РФ. Выедет — из РКЛ автоматически уберут в силу ст 31.2 ФЗ  «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» от 25.07.2002 N 115-ФЗ

7. Сведения об иностранном гражданине исключаются из реестра контролируемых лиц в случае:

1) выезда иностранного гражданина из Российской Федерации;

Пытаться въезжать в РФ, вставать на учёт. Но нужно понимать все же на каком основании его туда внесли. Иначе вьедит, опять попадет. В МВД дать всю информацию на основании чего он туда попал.

Есть вероятность, что будет запрет на въезд в силу ст 27 ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» от 15.08.1996 N 114-ФЗ

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_11376/487ed23b6c4844a759ab5ed7121a4e7d4d950b12/?ysclid=mq6vvel6l5134140484

Тогда ничего не останется, как обжаловать. Вероятность удовлетворения жалобы считаю имеются. Все таки несовершеннолетний ребенок, который в РФ имеет родителей, граждан РФ.

Но без выезда вопрос не решить. Независимо от того, какая причина была его изначального туда внесения, он в РФ без регистрации. 

В любом случае выезжать/вьезжать