Здравствуйте!
Не всё, что требует водоканал, лежит на вас. Распределение обязанностей зависит от того, где именно проходит граница эксплуатационной ответственности — а она обычно фиксируется в вашем договоре на водоснабжение или в отдельном акте разграничения.
Если яма и счётчик находятся в пределах вашего земельного участка (то есть после точки врезки вашей трубы в магистраль), то это зона вашей ответственности как собственника. В этом случае вы действительно должны обеспечить содержание этого узла: очистить яму, установить люк, заменить сломавшийся счётчик. Водоканал в такой ситуации не обязан за это платить.
Если точка врезки (и, соответственно, граница ответственности) проходит до вашего участка (например, колодец с счётчиком расположен на муниципальной земле или на границе участка, но по документам сеть до этой точки принадлежит ресурсоснабжающей организации), то за состояние этой части (включая обустройство люка и очистку) отвечает водоканал.