Виктория, здравствуйте.
Само заявление в полицию - это ещё не доказательство вины, и уголовное дело по факту кражи или присвоения (ст. 158 или 160 УК РФ) будет строиться на конкретных доказательствах, а не на подозрениях магазина. Если по вашим кассовым отчётам (Z-отчёты, инвентаризационные акты) недостачи не выявлено - это ключевой факт в вашу пользу, и обязанность доказать сам факт ущерба и вашу причастность лежит на работодателе и следствии, а не на вас.
С точки зрения трудового права работодатель, прежде чем предъявлять претензии, обязан провести инвентаризацию и запросить с вас письменное объяснение - без этого любое взыскание незаконно (ст. 247 ТК РФ). Если по документам всё сходится, оснований для материальной ответственности просто нет - ст. 238 ТК РФ говорит о возмещении прямого действительного ущерба, а ущерба у вас, получается, не зафиксировано.
Но есть нюанс: раз дело дошло до полиции, речь уже не только о трудовом споре, а о доследственной проверке или уголовном деле. Здесь важно не наговорить лишнего на опросе и не подписать никаких "признаний" под давлением - это может кардинально изменить всю картину, даже при чистых отчётах.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.