Это спорно и оспорить можно - если отец фактически не воспитывал и не содержал сына, его право на выплату могло не возникнуть вовсе, независимо от того, что он позже был признан умершим. Позиция закреплена в Постановлении КС РФ от 19.07.2016 № 16-П: формальное родство само по себе не даёт права на соцвыплату, если родитель фактически не исполнял родительских обязанностей.
Тут важно развести два разных вопроса, которые часть ведомств, судя по всему, смешивает. Единовременные выплаты (по ФЗ-306, президентская) - это не наследство. Они не входят в наследственную массу и не распределяются нотариусом между наследниками погибшего родителя - это самостоятельная соцвыплата, положенная лично членам семьи военнослужащего. Поэтому фраза "долю отца принимать по наследству" сама по себе юридически странная - если отец в принципе не имел права на выплату из-за неучастия в жизни сына, то и наследовать его наследникам будет нечего, доля должна остаться у Вас.
Второй момент - дата смерти отца, установленная судом при объявлении его умершим. Если суд установил день предполагаемой гибели (ст. 45 ГК РФ) раньше дня гибели сына - у отца на момент возникновения права вообще не было правоспособности как живого получателя, и его "доля" не может перейти его наследникам в принципе. Если же датой смерти считается день вступления решения суда в силу (позже гибели сына) - ведомство формально считает, что право у отца возникло и "успело" стать имуществом, которое наследуется его наследниками. Именно отсюда, скорее всего, и растёт позиция части ведомств.
Но даже во втором случае это не финал - фактическое неучастие отца в воспитании и содержании сына даёт основание требовать через суд признания его не имеющим права на выплату, тогда вопрос о наследовании этой доли снимается автоматически.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.