Здравствуйте.
Доля отца не сгорает автоматически - вопрос в том, переходит ли право на неё по наследству, или региональная выплата перераспределяется между оставшимися членами семьи погибшего (Вами, дочерью и матерью мужа). Это зависит от формулировки конкретного акта Правительства Москвы, которым установлена региональная выплата - там прописывается, кто входит в круг получателей и что происходит, если один из них умер, не успев обратиться.
Если такой акт предусматривает переход права к наследникам умершего получателя - применяется ст. 1183 ГК РФ: право на получение не полученных при жизни сумм переходит к проживавшим совместно с ним членам семьи, а при их отсутствии - включается в общую наследственную массу по правилам наследования. Важный нюанс в Вашей ситуации: наследники отца - это его супруга (мать Вашего мужа, если она состояла с отцом в браке) и дети, а поскольку Ваш муж (сын отца) умер раньше него, его долю в наследстве отца по праву представления получает Ваша дочь - то есть внучка отца.
Есть и другой вариант - если акт написан так, что выплата предназначена лично каждому члену семьи и заявление вообще не было подано, соцзащита может занять позицию, что право не возникло как имущественное и в наследство не входит. Тут спор придётся решать через обращение в органы соцзащиты с последующим оспариванием отказа, если он последует.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.