Здравствуйте.
Автоматически вторая половина не придёт - тут всё зависит от одной детали, на которую военкомат сам обычно не смотрит: какую дату суд указал как день смерти отца.
Право на единовременную выплату у члена семьи погибшего возникает на дату гибели военнослужащего - у лиц, которые на эту дату входили в круг получателей первой очереди (супруг, родители, дети) по Указу Президента РФ № 794 и Постановлению Правительства № 824. И вот здесь два разных варианта:
Если суд установил день смерти отца раньше даты гибели сына - отец на момент гибели сына вообще не входил в круг получателей, и его доля изначально должна была уйти Вам полностью. Военкомат об этом просто не знал на момент выплаты - деньги не "потерялись", их надо запросить дополнительно.
Если же датой смерти отца указана дата после гибели сына (то есть на момент гибели сына отец был формально жив), то право на его долю у отца уже возникло, а после его смерти эта доля становится его наследством. И тут она не переходит Вам автоматически - она делится между наследниками отца по закону, а Вы, как мать погибшего сына, не входите в число его наследников, если сами не состояли с ним в браке.
В любом случае сама по себе выплата не придёт - решение суда военкомат/56 ФЭС не увидит, пока Вы не подадите документы отдельно.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.