Здравствуйте.
Незакрытый больничный по БиР - это техническая недоработка СФР или бухгалтерии, а не Ваша ошибка, и именно из-за этого система "видит" пересечение периодов и блокирует назначение пособия на второго ребёнка. По ст. 11 Закона № 255-ФЗ одновременно получать пособие по БиР и пособие по уходу за первым ребёнком за один и тот же период нельзя - поэтому пока висит "открытый" больничный, программа не даёт закрыть один расчётный период и открыть новый.
По сути у Вас сейчас два отдельных вопроса, которые нужно развести: первый - закрыть старый больничный (это чисто техническая процедура, деньги здесь обычно не пересчитываются задним числом, если выплаты по нему уже были произведены полностью), второй - назначение пособия на второго ребёнка, которое от закрытия больничного зависит только процедурно, а не по деньгам. Излишне не заплатили и не пересчитали - тут зависит от того, как именно был оформлен переход с БиР на уход за первым ребёнком: если заявление о прерывании отпуска по уходу за первым и предоставлении отпуска по БиР подавалось корректно, задвоения выплат быть не должно. Но на практике именно незакрытый больничный часто и означает, что в базе СФР этот переход не зафиксирован документально, отсюда и путаница с суммами.
Без поднятия расчётных листов и истории выплат за оба периода сказать точно, есть ли переплата или недоплата, невозможно - тут нужно смотреть конкретные даты и суммы.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.