Здравствуйте
При применении такой системы налогообложения как УСН — для отдельных категорий упрощенцев на уровне субъектов РФ могут быть установлены пониженные ставки налога (п.п. 1, 2 ст. 346.20 НК РФ). И в таком случае, если ИП зарегистрирован в одном регионе, а деятельность на УСН ведет в другом, то законодательство не позволяет использовать налоговые ставки по УСН, действующие по месту осуществления деятельности. В связи с этим налог и авансовые платежи по нему следуют исчислять по ставкам, которые действуют по месту жительства ИП. Соответственно, такая ставка налога может быть льготной.
Для более точной оценки ситуации необходимо изучать документ налогового органа — в какой форме он пришел (массовая рассылка, требование, запрос), его содержательную часть, период и т.д. Вполне возможно что мотивированный ответ снимет претензии и не придется подавать уточненную налоговую отчетность