Здравствуйте! Если 16 лет Вы проходили службу именно сотрудником органов внутренних дел со специальным званием, а не военнослужащим внутренних войск, строевая часть, скорее всего, рассчитала отпуск правильно. Для продолжительности основного отпуска учитывается общая продолжительность военной службы, а не общая выслуга для пенсии. Согласно пункту 5 статьи 11 Федерального закона № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих» основной отпуск составляет: при военной выслуге менее 10 лет — 30 суток, от 10 лет — 35, от 15 лет — 40, от 20 лет — 45 суток. Аналогичный порядок установлен пунктом 2 статьи 29 Положения о порядке прохождения военной службы, утверждённого Указом Президента РФ № 1237.
Служба в МВД засчитывается вместе с военной службой при определении права на пенсию за выслугу лет по статье 18 Закона РФ № 4468-1 и Постановлению Правительства РФ № 941, но эти нормы не превращают период службы сотрудником МВД в период военной службы для расчёта продолжительности отпуска. Поэтому 15 дополнительных суток за выслугу МВД к основному военному отпуску не прибавляются.
Если Ваша военная выслуга сейчас менее 10 лет, основной отпуск составляет 30 суток. За службу в районе Крайнего Севера или иной установленной местности он может увеличиваться до 15 суток, но общая продолжительность основного отпуска с таким увеличением не должна превышать 60 суток; время проезда к месту отпуска и обратно в этот предел не входит. Поэтому вариант 45 суток плюс дорога может быть законным. Исключение возможно, если часть службы в системе МВД фактически являлась военной службой либо строевая неверно рассчитала льготную военную выслугу.
Рекомендую подать рапорт о выдаче заверенного расчёта общей продолжительности военной службы и выписки из приказа о предоставлении отпуска. Могу проверить послужной список, расчёт выслуги и приказ на отпуск, а при ошибке подготовить рапорт о перерасчёте и жалобу в военную прокуратуру.