Ситуация, которую Вы описали, представляет собой грубейшее нарушение трудового законодательства, и она совершенно недопустима. Работодатель, указывая сверхурочные как выходные, не выплачивая вахтовую надбавку и компенсацию питания на протяжении двух лет, а также фактически установив режим работы без выходных, нарушает целый ряд норм Трудового кодекса Российской Федерации, и единственное, что Вам нужно сделать в этой ситуации, — это системно и последовательно отстаивать свои права, начиная с анализа документов и заканчивая обращением в суд, потому что бездействие здесь только ухудшит Ваше положение, а сроки исковой давности, хотя и имеют свои особенности, не должны Вас останавливать, поскольку при длящемся нарушении Вы можете взыскать задолженность за последние три года. Прежде всего, Вам необходимо внимательно изучить Ваш трудовой договор, потому что именно в нём должен быть зафиксирован режим работы, и если в договоре прямо указано, что работа является вахтовой, то это означает, что на Вас распространяются все гарантии, предусмотренные статьями 297–302 Трудового кодекса РФ, а именно: вахтовый метод предполагает, что работник выполняет трудовую функцию вне места постоянного проживания, а время в пути и время междусменного отдыха также оплачивается, и работодатель обязан выплачивать вахтовую надбавку за каждый календарный день нахождения в месте производства работ, а также компенсировать расходы на питание, если это предусмотрено локальными актами или коллективным договором, но даже если питание отдельно не компенсируется, то работодатель обязан обеспечить работника питанием за свой счёт либо выплачивать суточные, поэтому ссылки на «несуществующий график 45 на 45, но 5-2» являются заведомо несостоятельными, потому что такой график не имеет ничего общего с вахтовым методом и является попыткой замаскировать сверхурочную работу под обычные выходные. Что касается сверхурочных, то в соответствии со статьёй 99 ТК РФ сверхурочной считается работа, выполняемая по инициативе работодателя за пределами установленной продолжительности рабочего времени, и она должна оплачиваться в повышенном размере: первые два часа не менее чем в полуторном размере, последующие часы — не менее чем в двойном размере, а если работодатель вместо этого указывает эти часы как выходные, это является прямым нарушением, так как выходные дни предоставляются в соответствии с графиком, а не за счёт переработки, и такая подмена понятий лишает Вас законной повышенной оплаты. Поскольку Вы работали без выходных, используя только отпуск, фактически Ваша переработка является систематической, и это даёт Вам право требовать оплату всех сверхурочных часов за весь период работы, однако с учётом срока исковой давности, установленного статьёй 392 ТК РФ, Вы можете обратиться в суд за взысканием задолженности в течение одного года со дня установленного срока выплаты, но поскольку нарушения носят длящийся характер, суд может взыскать задолженность за три года, предшествующих обращению, если Вы сможете доказать, что заработная плата Вам начислялась неполностью каждый месяц, и именно поэтому Вам нужно как можно скорее подготовить письменную претензию работодателю с требованием выплатить все недоплаченные суммы, включая вахтовую надбавку, компенсацию питания и оплату сверхурочных, и направить её заказным письмом с уведомлением или вручить под роспись, чтобы зафиксировать дату обращения. Параллельно с этим Вам следует обратиться в Государственную инспекцию труда, которая проведёт внеплановую проверку и может выдать работодателю предписание об устранении нарушений и привлечь его к административной ответственности, однако инспекция не взыскивает деньги в Вашу пользу, она лишь может обязать работодателя произвести перерасчёт, поэтому основным инструментом для Вас будет суд, и для этого Вам необходимо собрать все имеющиеся доказательства: трудовой договор, расчётные листки за все спорные месяцы, графики работы, табели учёта рабочего времени, выписки из банка о перечислениях заработной платы, а также любые переписки с работодателем, где фигурирует обсуждение режима работы, и на основе этих документов сделать подробный расчёт задолженности за каждый месяц, при этом для расчёта сверхурочных нужно определить нормальную продолжительность рабочего времени для Вашей должности (обычно 40 часов в неделю) и вычесть из фактически отработанных часов те часы, которые оплачены как обычные, а разница и будет сверхурочными, которые подлежат оплате в полуторном и двойном размере, а также отдельно рассчитать вахтовую надбавку, которая обычно составляет процент от оклада за каждый день вахты, и компенсацию питания, если она предусмотрена. Важно понимать, что ссылка работодателя на «сменный график 45 на 45» при том, что по договору у Вас вахта, является несостоятельной, потому что сменная работа регулируется статьёй 103 ТК РФ и предполагает работу в течение установленной продолжительности рабочего дня по графику сменности, но она не отменяет оплаты сверхурочных, а вахтовый метод предполагает учёт рабочего времени суммированно, и при таком учёте сверхурочные часы определяются по окончании учётного периода, поэтому работодатель обязан был вести точный учёт и оплачивать переработку, а то, что он этого не делал, является основанием для взыскания не только самой задолженности, но и процентов за задержку выплат по статье 236 ТК РФ, а также компенсации морального вреда по статье 237 ТК РФ, если Вы сможете доказать, что действиями работодателя Вам причинены нравственные страдания. Исходя из всего вышесказанного, Ваш план действий должен быть следующим: сначала Вы составляете письменную претензию с детальным расчётом задолженности и направляете её работодателю, давая ему разумный срок (например, 10 рабочих дней) для добровольного удовлетворения требований; если ответа не будет или он будет отрицательным, Вы подаёте жалобу в трудовую инспекцию и одновременно готовите исковое заявление в районный суд по месту нахождения работодателя или по месту Вашего жительства, поскольку трудовые споры о взыскании невыплаченной заработной платы могут быть поданы по выбору истца, и в иске Вы требуете взыскать недоплаченную вахтовую надбавку, компенсацию питания, оплату сверхурочных, проценты за задержку, а также компенсацию морального вреда, при этом не забывайте, что Вы освобождены от уплаты государственной пошлины при подаче такого иска, и Вы можете также ходатайствовать об истребовании у работодателя дополнительных документов, если они у Вас отсутствуют. Поскольку Вы уже работаете несколько лет и нарушение носит системный характер, суд с высокой вероятностью встанет на Вашу сторону при условии, что Вы предоставите убедительные доказательства, поэтому не затягивайте с обращением, потому что каждый день промедления уменьшает Ваши шансы на взыскание за более ранние периоды, и помните, что работодатель, который так грубо нарушает закон, скорее всего, не изменит своего поведения без судебного вмешательства, поэтому действуйте решительно, и если Вам сложно самостоятельно составить расчёт или иск, обратитесь за помощью к профсоюзному юристу или в любую юридическую консультацию, но главное — не оставайтесь в пассивной позиции, потому что защита Ваших трудовых прав — это Ваша законная возможность получить заработанные деньги.