Нет, автоматически считать налог только с унаследованной 1/2 доли не нужно.
Если доли квартиры приобретены одним собственником в разное время, срок владения всей квартирой исчисляется с даты приобретения первой доли. Поэтому получение матерью второй половины квартиры по наследству не обнуляет срок владения первоначальной 1/2. Если минимальный срок уже истёк, НДФЛ не будет со всей квартиры, декларацию подавать также не потребуется. Федеральная налоговая служба
Но «более трёх лет» достаточно не всегда:
Трёхлетний срок применяется, например, если первоначальная доля получена по наследству, в результате приватизации, в дар от близкого родственника либо квартира является единственным жильём.
В остальных случаях общий минимальный срок составляет пять лет. Поэтому если мать купила свою долю после 2016 года и имеет другое жильё, трёх лет может быть недостаточно. КонсультантПлюс
Срок владения наследственной долей сам по себе считается со дня смерти сына, а не со дня получения свидетельства у нотариуса. Наследство принимается в течение шести месяцев. Федеральная налоговая служба
Ключевой вопрос: когда и на каком основании мать получила свою первоначальную 1/2 долю и имеется ли у неё другое жильё? Именно от этого зависит, будет ли вся продажа освобождена от налога.